卓的尸体被剁成碎块，焚烧成灰，撒于驰道。董氏宗族子弟被杀一净，葬于乱坟岗。
董卓的诸多亲信故吏被全家抄斩，丧命者多达五千多人。在皇甫嵩、吕布等人的极力劝阻下，王允退了一步，没有把北军数十名军吏的家眷关进大牢，而是暂时监禁了起来。
第二天朝议，王允奏请天子下旨，要求牛辅、李傕、郭汜、王方、贾诩等北军将领立即回京述职，如若迟迟不归，则以谋反论处，诛杀九族。
朝中大臣们很吃惊，纷纷劝阻王允。这道圣旨送过去，牛辅等人自知必死，肯定要叛乱，要带着大军杀进关中。
此刻关中只有吕布的两千兵，皇甫鸿的两千兵，李肃的一千羽林军，即使加上皇甫嵩请来相助的三千羌骑，扶风和冯翊两郡的六千郡国兵，整个关中也不过只有一万四千人，根本不是叛逆的对手。
“大人，我们坚决同意诛杀董卓旧将，但此事必须从长计议，不能操之过急。”司空淳于嘉劝道，
“大人急于重振社稷，安定天下的心情，我们非常理解。但前提是，我们要先稳定关中，要把牛辅等人的军队控制到手，然后才能杀他们。关中无论如何不能再起战火了。”皇甫嵩非常生气，脸色铁青，一言不发。
吕布担心牛辅率军杀进关中，长安难保，也出言相劝。长安兵变，双方大约有四万三千军队参予其中，损失非常惊人。
董卓一方有他的三千铁骑和一千虎贲，有左将军董旻的三千人，虎贲中郎将董越的五千人，护羌校尉董安的三千人，中军校尉董璜的两千人，武猛校尉董徽的三千人，京兆尹董邦的三千郡国兵。
这两万三千人中，护羌校尉部的三千人马后来跟了吕布。镐城北军大营一战最后也只有三千俘虏，其余一万七千人全部战死。
朝廷这一方有皇甫嵩临时拼凑的一千私兵，向羌胡诸部借的三千铁骑，司隶校尉黄琬的一千人，城门校尉王欣的八百人，左中郎将刘范和骑都尉李肃的三千羽林、虎贲军，中郎将吕布的九千人（包括护羌校尉部的三千人马），中郎将皇甫鸿的五千人。
虽然扶风郡王宏和冯翊郡宋翼各有三千郡国兵，但他们为了确保兵变成功后三辅能够迅速稳定下来，都没有参战。
因此只有二万三千人先后在各个战场上誓死奋战，最后损失了大约一万四千人，折损一半多。
此役双方损兵折将三万一千人，关中元气大伤，长安不堪一击。此时除了赦免北军诸将外，别无它途，请大人三思啊。
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