比起清丈田亩，进展更快的则是军制改革，九边积弊丛生，以往碍于边防压力，谁也动不了。
自从俺答被诛之后，哪怕是九边的将门也没法阻止军制改革了。
原本设想彻底废掉军户，采用募兵代替世兵，一举甩掉包袱。后来经过唐汝楫的考察，给推翻了，有两大理由，第一，只依靠募兵，军费开支会暴涨，就按照十万人计算，每年要开支三百万军费，还是在不打仗的情况下，相比以往，足足增加一倍不止，根本达不到节约开支的目的。
第二，废掉军户之后，一旦造成边防空虚，有地无民，草原的部落就会南下，到时候又会重演汉唐的教训，根本没法实现长治久安。
唐毅和唐汝楫两位大学士，召集兵部尚书谭纶，宣大总督李天宠，马芳、戚继光、杨安等几位总兵，还有数位将门代表，经过反复的磋商，终于达成了最后的方案。
原有的卫所一并裁撤，换成州府县乡的文官系统，和各省情况一致，但是为了保持九边的防卫力量。
以卫所为基础，组建武装农场和牧场，原有的世兵变成农场的民兵，农场承担的税负只有内地各省的三成到一半，同时每个民兵每个月能领五斗粮食。
至于原有的世袭将门，也同样以赎买的方式，解决他们的问题，以最低级的百户为例，可以分得五十亩田产，其余往上，千户，指挥佥事，指挥同知，指挥使……最多可以分得五千亩田产，足够成立一个大型农场。
朝廷设立学堂，分成文武商三班，文班就是走科举路线，唐毅等下规矩，以后乡试和会试都有保留名额，留给军中子弟，武班自然是交给他们排兵布阵，攻杀战守，学成之后，可以参加武举，选拔军官。商班就相对容易了，也教给读书识字，更多的则是经营算账，让他们能管好农场，不至于被人家卖了。
显然世袭将门受到了极大地冲击，可是他们也没有办法，谁让外患没了，晋党垮了，眼下九边能征惯战的都是东南出来的募兵。
唐毅下手虽然狠，可是也给大家伙留了活路，总不能拿着鸡蛋往石头上撞，岁月是傻瓜！
最近毛纺大兴，白捡一座牧场，没准还占了便宜呢！
军制的问题成功解决，同时却带来了另一个麻烦，九边从原来的武将管理，一下子变成了文官统辖。
原本就设有巡抚不用说了，下面要增加多少知府，县令？
一镇十个县令不算多吧？辽东镇面积最广，至少要二十个县令，算起来就是一百个七品
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