还发生了倒马事件，结果清军虽然被打退了，但马士英也彻底跨台了。
幸好玄皇教早有后手准备，先把夕颜送入皇宫，成为朱由崧的宠妃，并且也安插了一批中下层官员，而史可法当政，又没有对马士英的余党进行追究，因此玄皇教总算是没有受到太多的牵连，依然在朝中保持着自己的势力。而且史可法的施政也是以稳定为主，因此玄皇教这才得到了一个比较好的环境，开始招筹人马，训练士兵。
但却是好情不长，安稳了没几天，又闹起什么顺逆之争，东林党内部发生了大分裂，结果逼得李自成撤离武昌，史可法、吴也下了课，而清军的第二次南侵也开始，而且这一次南侵比上一次可要凶得多少，南京也处在极大的危险之中。
而玄皇教也跟在里面疲于应付，花了一年多的时间，却只招募到六千多士兵，而且训练也是一蹋糊涂，面对清军的大军一天天的逼近,还是一筹莫展。因此玄皇教主也不由得羡慕商毅，现在看起来，他到真的是聪明，当初明明有好几次机会，但都死活不进南京来，甘心守在浙江，却可以全心全意按自己的计划来发展，没有那么多乱七八糟的事情打扰。现在己经成为南方最强的势力。
开始的时候，玄皇教主还自以为得意，认为商毅太傻，放弃了进入南京政局的机会，现在看起来，其实他比谁都精明，早知是这样，当初自己也该在外面找一块地方来驻军发展，起码到了这个时候，也有一支属于自己控制的军队，不会是一筹莫展。
只是到了现在，说什么都迟了，清军的大军压境，南京己是危在旦夕，而且南京一失，整个南方恐怕就都难以安稳，再想找到一段发展的时间，恐怕也不可能了。
就在这时，师长老道：“教主，现在南京的局势己经十分危险了，就算商毅肯出兵，也未必能够解救南京的危局，依属下之见，我们还是准备撤出南京，另寻安身之地。”
玄皇教主皱了皱眉头，道：“撤出南京？”
长老道：“教主，属下也觉得师长老之言有理，现在的局势，我们没有必要守在南京，给东林党陪葬，不如撤出南京，再度转入地下发展，等待时机，再图大业。而且就算现在人员不撤，也应该将一部份财产先撤出南京，作为以后再起事之用。”
玄皇教主沉呤了片刻，终于点了点头，道：“你们说得都对，有备而无患，我们确实应该考虑撤离南京了。我教在江西、安徽、福建、两广匀有基础，我看可以先撤到徽州，然后再计议到那里去安身，你们可以先拟定一个计
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