迎战清军的第二次南侵。
因为得到了商家军在北京的情报网络的消息，清军有可能在年内或开年再度发动南侵，因此在淸军第一次南侵结束之后，浙江地区的全面管制状态并沒有完全解除，再加上从南京的顺逆之争一开始，［杭州时报］就提到了清军有可能会发动南侵，在渐江地区到也没有引起太多的动荡，毕境浙江的百姓对商家军还是有充分的信心的。
在全面动员进入战争状态之后，军校的学生也再次被发动起来，将配合统战部和行政部，进行战前的准备宣传，同时由于正式军队大都将开拔上战场，因此军校还有和预备兵一起，维持治安的工作，将由第一、二期的学生付责在城内站岗、值班、守卫、巡逻等工作，而第三期的学生是新学员，还胜任不了这些工作，主要就是在城里贴标语，写大字报，宣传抗清、安定人心。
南京的顺逆之争当然也传到了军校里，并且在军校里也引发了一场讨论。商毅一直秉承着开明冶学的态度，因此并沒有对学生们进行刻意隐瞒，将顺逆之争后进展情况通过［杭州时报］传递给学生，也没有要求军校对支持倒顺的学生进行压制，只是用道理和事实进行说服，当然前提是支持倒顺的学生不许违反校规。
一开始倒顺派还有一定的市场，但在清军趁着李自成撤军之后，发动了第二次南侵，支持倒顺的学生也在日益减少，因为军校毕竟不是道学，而且在为先帝报仇和南明灭亡中间选择，除了极少数死脑筋之外，绝大多数人都会作出理智的选择来。其实就是在南京发动倒顺的东林党，也是因为对南北局势判断错误，要是他们知道清军会这么快就发动第二场南征，也决不会傻得发动这场斗争。
陈永华和夏完淳两人，由于各自的出身不同，在这场顺逆之争中所处的立场也不同。陈永华的父亲陈鼎虽然是崇祯十七年的进士，但并不是官宦世家，而且因为明朝的灭亡，陈鼎并没有出仕为官，因此陈永华也比较容易接受从现实出发，招安李自成，共同抵抗清军。
而夏完淳的出身，与和东林党有着千丝万缕的关系，他的父亲夏允彝是江南名士，与东林党十分交厚，而且还是东林的另一个分舵——几社的创建者之一。老师陈子龙更是东林糸统的干将之一，因此在各种斗争中，夏完淳都是十分坚定的站在东林党的一边。但这次顺逆之争，却是东林党内部的斗争，而且斗争的双方：史可法、吴甡、钱谦益、黄宗羲都是很受夏完淳尊重的人，因此夏完淳也十分迷茳，不知道自己该支持谁。
但在清军南侵开始
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