谈判完成后，周琅派人先去联系了东边的雇佣兵，接着是海上的舰队，很快炮击声停了下来。
之后派人进入东港，清军的状况并不如想象中那么惨，这几日的作战，他们的人员损失并不大，前前后后伤亡了有三百多人，这对于两千人的軍队来说，不能说是绝对的绝境。
但他们的副将自杀了，自杀前告诉手下说，让他们可以逃，但不要降。
周琅此时已经确定，李南馨之前派人来谈判，目的就是打算去凤弹汛联合地主武装，再反攻东港的。这对于武将来说是战略战役，只要不是过于迂腐的，都可以接受。但周琅拒绝了，反而允许他们从海上走。
李南馨虽然也担心让手下从海上走，敌人会追击，海寇的船大炮多，一旦他们从海上走，对方追杀的话，等于放弃了生路。所以如果不是没有任何办法，他是不会从海上走的，因此之前派兵向北做了最后一次突围。可周琅的炮太凶了，尤其是在逼仄的官道上，大炮的威力被放大了。逃回去的士兵都哭诉说突围是死路。
李南馨这才放弃了一切侥幸，他六十岁了，不怕死，但他不想断了手下的生路，于是他自刎报国，告诉手下说，让他们逃走，从海上逃也可以，四散逃走也可以。
李南馨死后，手下军官决定答应海寇的要求，从海上走。因为他们都不是本地人，清军对台湾采取班军制度，正规清军都是从福健调来，一年一班，或者两年一班，进行轮换。这是出于对台湾人的不信任，同时防止驻防軍队跟当地人形成小集团。
澎湖水师虽然不是坐守班军，可也不是本地人，他们更愿意回澎湖。
按照约定，周琅派人负责监督他们登船，这些人放下了所有武器，登上了三十艘舰船，然后周琅如约放他们离港，一直平安的驶过封锁舰队，然后消失在远方。
东港的情况确实比之前的打鼓汛要好一些，显然清军对这里进行了维护，但依然无法满足周琅的要求。
菲舍尔也看过了炮台，基座是坚固的，可设施太落后，炮台上的大炮是自铸的红衣大炮，不但射程短，关键是不灵活，不如西方炮台几乎可以三百六十度进行旋转，这种红衣大炮角度是死的，只能面向一个方向。
“从打鼓港让那些工程人员过来，对这里进行重新改造。左营的要塞炮还剩一些吧？”
“还有二十门！”
王辅茞现在负责管理所有的后勤物资，他以前做过帐房，周琅向他传授了复式记账法，并且编制了一整套现代档
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