地方官掌握太多的军权，一个绿营被分为三块，归总督、巡抚和总兵三人统领，如果是一场准备有序的战争还可以从容的联合管理，可碰到被周琅偷袭这种遭遇战，那就会显得过于散乱，无法形成统一的战斗力。
最严重的，其实并不是制度上的缺陷，而是魁伦的自杀。
魁伦之前是福州将军，总督伍拉那和巡抚浦霖被查之后，长麟来接替了总督职务，魁伦兼任了巡抚，后来长麟被调回，魁伦被擢升为总督，他的福州将军职务被取消，乾隆任命了一个叫做福昌的将领来接任，可对方还在路上，预计时间得十二月多才能到，按照程序以及乾隆的旨意，在福昌到任钱，将军印继续由魁伦保管。
也就是说魁伦之前还继续履行者福州将军的职务，他的自杀立刻让驻防八旗群龙无首。
绿营方面，魁伦已经接替了长麟作为总督，绿营中最强大的督抚标兵归他管辖，他自杀后，这些标兵也无人管理了。府标方面，巡抚浦霖被问罪，新任巡抚跟福昌一样，还没有就任，此时处于空缺状态，之前由魁伦兼任，魁伦的自杀也让府标失去了统帅。
这就是真正的问题所在，由于福建贪腐案发，乾隆或者出于让位前的立威，选择支持魁伦在福建兴大狱，结果导致福建官僚体系的巨大破坏，高级官僚都严重缺位，魁伦一人就身兼了总督、巡抚和将军三大要职，权力高度统一，让他可以抽调数万大军出征凤山县，可当他自杀后，却也让大部分军事力量失去了控制。
这些情况造成的混乱如何结合軍队的腐朽，就会产生令人发指的情况。
周琅攻入城后发现，自己打死的清军连一千都没有，可清军却战死了两千多人，他们竟然是死于内斗，在大军压境的压力之下，福州清军竟然出现了火并的情况。
火并的原因让人哭笑不得，不是为了上前线打仗的意见分歧而火并，而是为了争夺逃路发生的火并，而且火并的双方竟然是八旗和绿营，后来经过审讯发现，火并是八旗挑起的。
福州驻防八旗是康熙年间设立的，共驻扎了四旗，镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗，都是汉军旗。驻地在城东，四旗营负责各城门之启闭与防守。乾隆十九年添设正黄、正白、镶红、镶蓝四旗，是满洲八旗。
历史发展到了乾隆末年，尽管八旗内部依然尊卑有分，满蒙八旗自认高汉八旗一等，可融合程度已经很高，旗人作为一个族群已经有了归属意识，区分个人身份的变成了旗人和民人，所以满汉八旗内部在对绿营的时候，是有统
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