承人会被安排到其他地方任职，以斩断原来的权力关系。色雷斯、马其顿、保加利亚都以这种方式纳入帝国政府的有效控制之下。一旦这种方式达不到目标，就采取武力。在安纳托利亚，也使用在巴尔干行之有效的办法，软、硬两手，分化瓦解，把死去的显贵的辖地划成更小的区域，以此弱化地方势力。
他还频繁地更换官员的职位，让官员们在自己的辖区内难以形成持久的威信；大力提拔低层官员并委以重任，让他们控制军队或行政要害部门，目的却不是为了真的让这些新锐取代老官僚。等达到打击权贵的目标后，这些新贵又被迅速解职，甚至流放，然后把他们的政敌提拔起来顶替他们。这样那些被打击后失去威望的权贵，迅速对苏丹变得依赖和忠诚。
通过这些举措，在政治上，马哈茂德将帝国统治阶层重组为三部分：帝国行政文职阶层，包括书吏、文书等，军官阶层和宗教阶层。
在军事方面，马哈茂德二世的主要举措是，清洗耶尼塞里軍队，建立新式陆军，名为穆罕默德常胜军。增加陆军总司令的职权，让其担任穆罕默德常胜军的总指挥，使其超越所有军队指挥官。取消军事总监的办公室，代之以一位文职助理，负责军需事务。军事总监的财权收归帝国的财政部。马哈茂德二世把其他各支部队连同兵工厂、军需库等并入“穆罕默德常胜军”。
军队管理中还设立训令部、军需部，海军部门仍是独立机构。以前也设有军事监察官来负责军需，改革后任命一位文职官员，充当海军司令的副手。为满足军费开支的需求，尽力规范军用财政系统。努力控制军用收支，建立一个负责控制军事开支的军费监督部。监督部直接负责军饷、军粮、军服的供应，总司令部仅发挥军事技术职能。海军虽独立于陆军总司令控制之外，但军需供应也由军费监督部负责。军用金库实际上变成帝国最大的财政库，因为各类收入（连同人头税、羊税等）都转入军用金库。军用金库成为国家财政的核心部件，为軍队提供了充足的财政支持。
军队高层的改革和新机构的设立，不同部队进行了重组和装备更新。步兵、骑兵、炮兵的建置和规模、军队数量都有所变化，营地薪饷和装备也有相应的变动。但是，许多部队的训练跟不上。而且军官学习的战术过于陈旧，始终没有对他们进行更专业的培训。
新军除了忠实于素丹这一条原则得到落实之外，其他方面改动很少，军官群体内部派系林立，争权夺利；高级军官的位置就是给特权阶层预留的；军官们很少是按照实际
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