另外选择山海关做为防御的底线，朱由检还充分考虑到渤海的影响。后金军虽然骑兵冠绝天下，但完全没有海军；大明虽然水师力量也很孱弱，但好歹比后金强。如果皇太极真的兵临城下，明军完全可以将战舰行驶到关外的近海，从海上炮击敌人。这就是移动的炮台，还完全不用担心遭到后金军的攻击。
另外，用海运向山海关运送粮饷，也比陆运拥有更多的优势。陆运必须使用大量的人力，速度也慢，往往粮食还没运到，先被运粮的人吃掉一多半；海运却只要有风即可，占用人力少、运量大、速度快，在这个没有火车和汽车的年代，实在比手拉肩扛的陆运便捷太多了。
而之所以选择山海关，而不是同样临海的宁远或是其他什么地方，正是因为朱由检充分考虑到渤海的特殊地理和气候因素。渤海是内海，冬季大部分地区会封冻，包括山海关以南的天津卫等地都会结成厚厚的海冰，船只无法靠岸。而且后金军还可以涉冰而过，当年觉华岛就是因此覆灭。
可是在渤海之中，偏偏就有一个不冻港，那就是秦皇岛港，也就是现在的山海关。道理说来也简单，因为渤海南、北均有大河注入，北面是辽河，南面是海河和山东诸河，惟有山海关附近没有大的河流入海。淡水比海水的含盐量低，更容易结冰，因此山海关的位置可谓得天独厚，这样一个战略要地，朱由检当然要牢牢守住。
至于具体的守法，朱由检打算以经过改编的祖大寿部为主，尤其是李崇瑶一手带出来的关宁铁骑，应该是山海关守军的核心。这支部队不仅要守城，还应该可以随时出动，骚扰辽东的后金军民，让皇太极也尝尝“敌驻我扰”的滋味。
至于满桂、赵率教等部，则分驻于蓟州、宣府、大同等方向，因为朱由检知道蒙古人早晚会倒向皇太极，历史上后金军六次入关，前五次都是途经蒙古草原，从上述地区突破。朱由检并不指望满桂和赵率教能阻挡后金军，只要能起到个预警和迟滞的作用也就行了。而且没必要和敌人硬拼，只须死守城池，因为后金攻击的真正目标也不是那里。
辽东攻略的第三步，也是最为关键的一步，就是死守京师。因为朱由检经过反复盘算，认为对付八旗铁骑，再没有比京师更合适的战场了。
首先，京师对敌我双方都具有极其重要的政治意义。对后金来说，攻陷大明的都城，当然是个极大的诱惑，历史上皇太极第一次率军入关，正是直取京师，酿成“己巳之变”。
而对大明来说，京师也绝不容有失，因为这
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