周琅的改革一直都没有停止过，哪怕战争期间，各种改革措施，只要准备好了，就会施行，他是开国之君，大刀阔斧的改革，阻力最小，这些改革如果是积弊很深的时候，谁都动不了了。
比如明朝的崇祯很难改革，可满清入关就很容易改革。
最早的改革，诸如税制等等，早在周琅一统天下之前就开始了。甚至包括打造官办工业体系等等，都可以算入改革的内容中。
这最初的改革，其实更像是创设，因为周琅是在传统领域空白或者薄弱的地方下手，而且是先在皇帝的权力范围内动手，改革的阻力很小，反对派也没有理由反对，就好像沙皇改革农奴制，解放了国家农奴和宫廷农奴这些他直接控制的农奴，问题不大，可要碰地主们手里的农奴，那就会引起强烈的反对，说白了，不管是理念之争，还是意气之争，最后都会落到利益之争这个实地中来。
建立各种官办作坊，按照满清的制度，那归内务府管，北京的各大皇家作坊就是这样，地方上的江宁织造等等，地方官也管不上，那么周琅以内务府的名义，建立这些作坊，王辅茞完全没有理由干涉。
后来税制改革，也是在商税领域进行，恰好过去的商税，也大多都被乾隆拿在手里，比如最重要的海关。官府虽然也管商税，可税率很低，大多数商税其实多事地方官的小金库，各路关卡则是军方的利益。
在这种情况下，周琅大刀阔斧的废除了守军吃拿卡要的渠道，裁撤了大批关卡，或者取消这些关卡拦截商队的权力，没有拦截的权力，也就没有了收取好处的机会。
另外很多商税收取十分混乱，户部可以收一部分，工部也可以收一部分，漕运衙门，水道衙门都可以收一部分，这些全部取消或者归并到内务府中。
税制改革就这样完成了，主要是新制度的创设，对旧制度的冲击很小。加上当时还有一个一统天下的共同目标，文官集团并没有开始反对。
接下来周琅开始从冷衙门工部开始改革，选择的切入点也是正确的，这是一个最不强势的传统部门，影响力最小。于是周琅请来了法国人，建立了科学院，开办了第一所大学，培养了各种人才。
法国人是1803年来到中国的，到1805年的时候，周琅就开始着手进行工部改革，此时的阻力开始出现。
只是一个冷衙门，竟然引起了巨大的官场动荡。
周琅是以工业部、水利部的架构来规划工部的，先是把漕运、水道这些管理中国水利设
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